GetWikiPWByCHEBIchebi_id00 17115 2015-08-28 13:07:45.433 UTC Chemical Entities of Biological Interest (ChEBI) identifer 2015-08-28 13:08:13.110 UTC pathway_URI_list http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP435 2015-08-28 13:17:03.883 UTC Pathway unique resource identifer, usually a resovable link. 2015-08-28 13:17:28.841 UTC chebi_id 17115 2015-08-28 13:18:14.136 UTC Chemical Entities of Biological Interest (ChEBI) identifer 2015-08-28 13:18:23.560 UTC pathway_species_name_list The species for which the pathway is annotated. 2015-08-28 13:17:47.706 UTC Mus musculus 2015-08-28 13:17:56.929 UTC findPathwaysByChEBIXref0responseBody00 The WikiPathways Webservice/API is queried for pathways with a specific Chemical Entities of Biological Interest (ChEBI) identifier. 2015-08-28 13:24:01.224 UTC net.sf.taverna.t2.activitiesrest-activity1.4net.sf.taverna.t2.activities.rest.RESTActivity GET http://webservice.wikipathways.org/findPathwaysByXref?ids={}&codes=Ce application/xml application/xml String false false false false true java.lang.String net.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.Parallelize 1 net.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.ErrorBouncenet.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.Failovernet.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.Retry 1.0 1000 5000 0 net.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.InvokeParse_pathway_URIsxml_text0nodelist11 The unique resource identifiers are parsed from the WikiPathways XML file output. 2015-08-28 13:22:55.142 UTC net.sf.taverna.t2.activitiesxpath-activity1.4net.sf.taverna.t2.activities.xpath.XPathActivity <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?> <ns1:findPathwaysByXrefResponse xmlns:ns1="http://www.wso2.org/php/xsd" xmlns:ns2="http://www.wikipathways.org/webservice"> <ns1:result> <ns2:score>5.529775</ns2:score> <ns2:fields> <ns2:name>graphId</ns2:name> <ns2:values>fcc5d</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>indexerId</ns2:name> <ns2:values>org.pathvisio.indexer.DataNodeIndexerhttp://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP176</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>source</ns2:name> <ns2:values>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP176</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:id>WP176</ns2:id> <ns2:url>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP176</ns2:url> <ns2:name>Folate Metabolism</ns2:name> <ns2:species>Homo sapiens</ns2:species> <ns2:revision>79883</ns2:revision> </ns1:result> <ns1:result> <ns2:score>5.529775</ns2:score> <ns2:fields> <ns2:name>graphId</ns2:name> <ns2:values>f97c7</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>indexerId</ns2:name> <ns2:values>org.pathvisio.indexer.DataNodeIndexerhttp://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP176</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>source</ns2:name> <ns2:values>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP176</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:id>WP176</ns2:id> <ns2:url>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP176</ns2:url> <ns2:name>Folate Metabolism</ns2:name> <ns2:species>Homo sapiens</ns2:species> <ns2:revision>79883</ns2:revision> </ns1:result> <ns1:result> <ns2:score>5.529775</ns2:score> <ns2:fields> <ns2:name>graphId</ns2:name> <ns2:values>cb970</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>indexerId</ns2:name> <ns2:values>org.pathvisio.indexer.DataNodeIndexerhttp://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP15</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>source</ns2:name> <ns2:values>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP15</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:id>WP15</ns2:id> <ns2:url>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP15</ns2:url> <ns2:name>Selenium Micronutrient Network</ns2:name> <ns2:species>Homo sapiens</ns2:species> <ns2:revision>79870</ns2:revision> </ns1:result> <ns1:result> <ns2:score>5.529775</ns2:score> <ns2:fields> <ns2:name>graphId</ns2:name> <ns2:values>f5683</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>indexerId</ns2:name> <ns2:values>org.pathvisio.indexer.DataNodeIndexerhttp://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP15</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>source</ns2:name> <ns2:values>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP15</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:id>WP15</ns2:id> <ns2:url>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP15</ns2:url> <ns2:name>Selenium Micronutrient Network</ns2:name> <ns2:species>Homo sapiens</ns2:species> <ns2:revision>79870</ns2:revision> </ns1:result> <ns1:result> <ns2:score>5.529775</ns2:score> <ns2:fields> <ns2:name>graphId</ns2:name> <ns2:values>cb19e</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>indexerId</ns2:name> <ns2:values>org.pathvisio.indexer.DataNodeIndexerhttp://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP3193</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>source</ns2:name> <ns2:values>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP3193</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:id>WP3193</ns2:id> <ns2:url>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP3193</ns2:url> <ns2:name>Vitamin B12 Metabolism</ns2:name> <ns2:species>Bos taurus</ns2:species> <ns2:revision>80778</ns2:revision> </ns1:result> <ns1:result> <ns2:score>5.529775</ns2:score> <ns2:fields> <ns2:name>graphId</ns2:name> <ns2:values>a2cc7</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>indexerId</ns2:name> <ns2:values>org.pathvisio.indexer.DataNodeIndexerhttp://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP3193</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>source</ns2:name> <ns2:values>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP3193</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:id>WP3193</ns2:id> <ns2:url>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP3193</ns2:url> <ns2:name>Vitamin B12 Metabolism</ns2:name> <ns2:species>Bos taurus</ns2:species> <ns2:revision>80778</ns2:revision> </ns1:result> <ns1:result> <ns2:score>5.529775</ns2:score> <ns2:fields> <ns2:name>graphId</ns2:name> <ns2:values>fcc5d</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>indexerId</ns2:name> <ns2:values>org.pathvisio.indexer.DataNodeIndexerhttp://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP1075</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>source</ns2:name> <ns2:values>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP1075</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:id>WP1075</ns2:id> <ns2:url>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP1075</ns2:url> <ns2:name>Folate Metabolism</ns2:name> <ns2:species>Bos taurus</ns2:species> <ns2:revision>80891</ns2:revision> </ns1:result> <ns1:result> <ns2:score>5.529775</ns2:score> <ns2:fields> <ns2:name>graphId</ns2:name> <ns2:values>f97c7</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>indexerId</ns2:name> <ns2:values>org.pathvisio.indexer.DataNodeIndexerhttp://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP1075</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>source</ns2:name> <ns2:values>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP1075</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:id>WP1075</ns2:id> <ns2:url>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP1075</ns2:url> <ns2:name>Folate Metabolism</ns2:name> <ns2:species>Bos taurus</ns2:species> <ns2:revision>80891</ns2:revision> </ns1:result> <ns1:result> <ns2:score>5.529775</ns2:score> <ns2:fields> <ns2:name>graphId</ns2:name> <ns2:values>cb970</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>indexerId</ns2:name> <ns2:values>org.pathvisio.indexer.DataNodeIndexerhttp://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP3257</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>source</ns2:name> <ns2:values>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP3257</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:id>WP3257</ns2:id> <ns2:url>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP3257</ns2:url> <ns2:name>Selenium Micronutrient Network</ns2:name> <ns2:species>Bos taurus</ns2:species> <ns2:revision>80897</ns2:revision> </ns1:result> <ns1:result> <ns2:score>5.529775</ns2:score> <ns2:fields> <ns2:name>graphId</ns2:name> <ns2:values>f5683</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>indexerId</ns2:name> <ns2:values>org.pathvisio.indexer.DataNodeIndexerhttp://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP3257</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>source</ns2:name> <ns2:values>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP3257</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:id>WP3257</ns2:id> <ns2:url>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP3257</ns2:url> <ns2:name>Selenium Micronutrient Network</ns2:name> <ns2:species>Bos taurus</ns2:species> <ns2:revision>80897</ns2:revision> </ns1:result> <ns1:result> <ns2:score>5.529775</ns2:score> <ns2:fields> <ns2:name>graphId</ns2:name> <ns2:values>cb19e</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>indexerId</ns2:name> <ns2:values>org.pathvisio.indexer.DataNodeIndexerhttp://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP1533</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>source</ns2:name> <ns2:values>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP1533</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:id>WP1533</ns2:id> <ns2:url>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP1533</ns2:url> <ns2:name>Vitamin B12 Metabolism</ns2:name> <ns2:species>Homo sapiens</ns2:species> <ns2:revision>80971</ns2:revision> </ns1:result> <ns1:result> <ns2:score>5.529775</ns2:score> <ns2:fields> <ns2:name>graphId</ns2:name> <ns2:values>a2cc7</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>indexerId</ns2:name> <ns2:values>org.pathvisio.indexer.DataNodeIndexerhttp://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP1533</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>source</ns2:name> <ns2:values>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP1533</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:id>WP1533</ns2:id> <ns2:url>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP1533</ns2:url> <ns2:name>Vitamin B12 Metabolism</ns2:name> <ns2:species>Homo sapiens</ns2:species> <ns2:revision>80971</ns2:revision> </ns1:result> </ns1:findPathwaysByXrefResponse> /ns1:findPathwaysByXrefResponse/ns1:result/ns2:url ns2 http://www.wikipathways.org/webservice ns1 http://www.wso2.org/php/xsd net.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.Parallelize 1 net.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.ErrorBouncenet.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.Failovernet.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.Retry 1.0 1000 5000 0 net.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.InvokeSplit_string_into_string_list_by_regular_expressionregex0string0split11 If an input file is used, this service will split the file on the newline character, making sure that the file is parsed correctly. 2015-08-28 13:24:53.360 UTC net.sf.taverna.t2.activitieslocalworker-activity1.4net.sf.taverna.t2.activities.localworker.LocalworkerActivity string 0 'text/plain' java.lang.String true regex 0 'text/plain' java.lang.String true split 1 l('text/plain') 1 workflow org.embl.ebi.escience.scuflworkers.java.SplitByRegex net.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.Parallelize 1 net.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.ErrorBouncenet.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.Failovernet.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.Retry 1.0 1000 5000 0 net.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.Invokeregex_valuevalue00 The character to split the input string (or text in file) on. Currently newline character (\n). 2015-08-28 13:25:49.701 UTC net.sf.taverna.t2.activitiesstringconstant-activity1.4net.sf.taverna.t2.activities.stringconstant.StringConstantActivity \n net.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.Parallelize 1 net.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.ErrorBouncenet.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.Failovernet.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.Retry 1.0 1000 5000 0 net.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.InvokeParse_speciesxml_text0nodelist11 The species are parsed from the WikiPathways XML file output. 2015-08-28 13:23:14.174 UTC net.sf.taverna.t2.activitiesxpath-activity1.4net.sf.taverna.t2.activities.xpath.XPathActivity <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?> <ns1:findPathwaysByXrefResponse xmlns:ns1="http://www.wso2.org/php/xsd" xmlns:ns2="http://www.wikipathways.org/webservice"> <ns1:result> <ns2:score>5.529775</ns2:score> <ns2:fields> <ns2:name>graphId</ns2:name> <ns2:values>fcc5d</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>indexerId</ns2:name> <ns2:values>org.pathvisio.indexer.DataNodeIndexerhttp://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP176</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>source</ns2:name> <ns2:values>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP176</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:id>WP176</ns2:id> <ns2:url>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP176</ns2:url> <ns2:name>Folate Metabolism</ns2:name> <ns2:species>Homo sapiens</ns2:species> <ns2:revision>79883</ns2:revision> </ns1:result> <ns1:result> <ns2:score>5.529775</ns2:score> <ns2:fields> <ns2:name>graphId</ns2:name> <ns2:values>f97c7</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>indexerId</ns2:name> <ns2:values>org.pathvisio.indexer.DataNodeIndexerhttp://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP176</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>source</ns2:name> <ns2:values>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP176</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:id>WP176</ns2:id> <ns2:url>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP176</ns2:url> <ns2:name>Folate Metabolism</ns2:name> <ns2:species>Homo sapiens</ns2:species> <ns2:revision>79883</ns2:revision> </ns1:result> <ns1:result> <ns2:score>5.529775</ns2:score> <ns2:fields> <ns2:name>graphId</ns2:name> <ns2:values>cb970</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>indexerId</ns2:name> <ns2:values>org.pathvisio.indexer.DataNodeIndexerhttp://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP15</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>source</ns2:name> <ns2:values>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP15</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:id>WP15</ns2:id> <ns2:url>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP15</ns2:url> <ns2:name>Selenium Micronutrient Network</ns2:name> <ns2:species>Homo sapiens</ns2:species> <ns2:revision>79870</ns2:revision> </ns1:result> <ns1:result> <ns2:score>5.529775</ns2:score> <ns2:fields> <ns2:name>graphId</ns2:name> <ns2:values>f5683</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>indexerId</ns2:name> <ns2:values>org.pathvisio.indexer.DataNodeIndexerhttp://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP15</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>source</ns2:name> <ns2:values>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP15</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:id>WP15</ns2:id> <ns2:url>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP15</ns2:url> <ns2:name>Selenium Micronutrient Network</ns2:name> <ns2:species>Homo sapiens</ns2:species> <ns2:revision>79870</ns2:revision> </ns1:result> <ns1:result> <ns2:score>5.529775</ns2:score> <ns2:fields> <ns2:name>graphId</ns2:name> <ns2:values>cb19e</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>indexerId</ns2:name> <ns2:values>org.pathvisio.indexer.DataNodeIndexerhttp://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP3193</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>source</ns2:name> <ns2:values>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP3193</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:id>WP3193</ns2:id> <ns2:url>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP3193</ns2:url> <ns2:name>Vitamin B12 Metabolism</ns2:name> <ns2:species>Bos taurus</ns2:species> <ns2:revision>80778</ns2:revision> </ns1:result> <ns1:result> <ns2:score>5.529775</ns2:score> <ns2:fields> <ns2:name>graphId</ns2:name> <ns2:values>a2cc7</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>indexerId</ns2:name> <ns2:values>org.pathvisio.indexer.DataNodeIndexerhttp://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP3193</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>source</ns2:name> <ns2:values>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP3193</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:id>WP3193</ns2:id> <ns2:url>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP3193</ns2:url> <ns2:name>Vitamin B12 Metabolism</ns2:name> <ns2:species>Bos taurus</ns2:species> <ns2:revision>80778</ns2:revision> </ns1:result> <ns1:result> <ns2:score>5.529775</ns2:score> <ns2:fields> <ns2:name>graphId</ns2:name> <ns2:values>fcc5d</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>indexerId</ns2:name> <ns2:values>org.pathvisio.indexer.DataNodeIndexerhttp://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP1075</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>source</ns2:name> <ns2:values>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP1075</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:id>WP1075</ns2:id> <ns2:url>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP1075</ns2:url> <ns2:name>Folate Metabolism</ns2:name> <ns2:species>Bos taurus</ns2:species> <ns2:revision>80891</ns2:revision> </ns1:result> <ns1:result> <ns2:score>5.529775</ns2:score> <ns2:fields> <ns2:name>graphId</ns2:name> <ns2:values>f97c7</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>indexerId</ns2:name> <ns2:values>org.pathvisio.indexer.DataNodeIndexerhttp://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP1075</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>source</ns2:name> <ns2:values>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP1075</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:id>WP1075</ns2:id> <ns2:url>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP1075</ns2:url> <ns2:name>Folate Metabolism</ns2:name> <ns2:species>Bos taurus</ns2:species> <ns2:revision>80891</ns2:revision> </ns1:result> <ns1:result> <ns2:score>5.529775</ns2:score> <ns2:fields> <ns2:name>graphId</ns2:name> <ns2:values>cb970</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>indexerId</ns2:name> <ns2:values>org.pathvisio.indexer.DataNodeIndexerhttp://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP3257</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>source</ns2:name> <ns2:values>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP3257</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:id>WP3257</ns2:id> <ns2:url>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP3257</ns2:url> <ns2:name>Selenium Micronutrient Network</ns2:name> <ns2:species>Bos taurus</ns2:species> <ns2:revision>80897</ns2:revision> </ns1:result> <ns1:result> <ns2:score>5.529775</ns2:score> <ns2:fields> <ns2:name>graphId</ns2:name> <ns2:values>f5683</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>indexerId</ns2:name> <ns2:values>org.pathvisio.indexer.DataNodeIndexerhttp://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP3257</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>source</ns2:name> <ns2:values>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP3257</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:id>WP3257</ns2:id> <ns2:url>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP3257</ns2:url> <ns2:name>Selenium Micronutrient Network</ns2:name> <ns2:species>Bos taurus</ns2:species> <ns2:revision>80897</ns2:revision> </ns1:result> <ns1:result> <ns2:score>5.529775</ns2:score> <ns2:fields> <ns2:name>graphId</ns2:name> <ns2:values>cb19e</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>indexerId</ns2:name> <ns2:values>org.pathvisio.indexer.DataNodeIndexerhttp://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP1533</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>source</ns2:name> <ns2:values>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP1533</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:id>WP1533</ns2:id> <ns2:url>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP1533</ns2:url> <ns2:name>Vitamin B12 Metabolism</ns2:name> <ns2:species>Homo sapiens</ns2:species> <ns2:revision>80971</ns2:revision> </ns1:result> <ns1:result> <ns2:score>5.529775</ns2:score> <ns2:fields> <ns2:name>graphId</ns2:name> <ns2:values>a2cc7</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>indexerId</ns2:name> <ns2:values>org.pathvisio.indexer.DataNodeIndexerhttp://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP1533</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>source</ns2:name> <ns2:values>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP1533</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:id>WP1533</ns2:id> <ns2:url>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP1533</ns2:url> <ns2:name>Vitamin B12 Metabolism</ns2:name> <ns2:species>Homo sapiens</ns2:species> <ns2:revision>80971</ns2:revision> </ns1:result> </ns1:findPathwaysByXrefResponse> /ns1:findPathwaysByXrefResponse/ns1:result/ns2:species ns2 http://www.wikipathways.org/webservice ns1 http://www.wso2.org/php/xsd net.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.Parallelize 1 net.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.ErrorBouncenet.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.Failovernet.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.Retry 1.0 1000 5000 0 net.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.InvokeFlatten_Listinputlist2outputlist11net.sf.taverna.t2.activitieslocalworker-activity1.4net.sf.taverna.t2.activities.localworker.LocalworkerActivity inputlist 2 l(l('')) [B true outputlist 1 l('') 1 workflow org.embl.ebi.escience.scuflworkers.java.FlattenList net.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.Parallelize 1 net.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.ErrorBouncenet.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.Failovernet.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.Retry 1.0 1000 5000 0 net.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.InvokeFlatten_List_2inputlist2outputlist11net.sf.taverna.t2.activitieslocalworker-activity1.4net.sf.taverna.t2.activities.localworker.LocalworkerActivity inputlist 2 l(l('')) [B true outputlist 1 l('') 1 workflow org.embl.ebi.escience.scuflworkers.java.FlattenList net.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.Parallelize 1 net.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.ErrorBouncenet.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.Failovernet.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.Retry 1.0 1000 5000 0 net.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.InvokeMerge_String_List_to_a_String_2stringlist1concatenated00net.sf.taverna.t2.activitieslocalworker-activity1.4net.sf.taverna.t2.activities.localworker.LocalworkerActivity stringlist 1 l('text/plain') java.lang.String true seperator 0 'text/plain' java.lang.String true concatenated 0 'text/plain' 0 workflow org.embl.ebi.escience.scuflworkers.java.StringListMerge net.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.Parallelize 1 net.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.ErrorBouncenet.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.Failovernet.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.Retry 1.0 1000 5000 0 net.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.InvokeMerge_String_List_to_a_String_2_2stringlist1concatenated00net.sf.taverna.t2.activitieslocalworker-activity1.4net.sf.taverna.t2.activities.localworker.LocalworkerActivity stringlist 1 l('text/plain') java.lang.String true seperator 0 'text/plain' java.lang.String true concatenated 0 'text/plain' 0 workflow org.embl.ebi.escience.scuflworkers.java.StringListMerge net.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.Parallelize 1 net.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.ErrorBouncenet.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.Failovernet.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.Retry 1.0 1000 5000 0 net.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.InvokefindPathwaysByChEBIXrefSplit_string_into_string_list_by_regular_expressionsplitParse_pathway_URIsxml_textfindPathwaysByChEBIXrefresponseBodySplit_string_into_string_list_by_regular_expressionregexregex_valuevalueSplit_string_into_string_list_by_regular_expressionstringchebi_idParse_speciesxml_textfindPathwaysByChEBIXrefresponseBodyFlatten_ListinputlistParse_pathway_URIsnodelistFlatten_List_2inputlistParse_speciesnodelistMerge_String_List_to_a_String_2stringlistFlatten_ListoutputlistMerge_String_List_to_a_String_2_2stringlistFlatten_List_2outputlistpathway_URI_listMerge_String_List_to_a_String_2concatenatedchebi_idSplit_string_into_string_list_by_regular_expressionsplitpathway_species_name_listMerge_String_List_to_a_String_2_2concatenated 7e6fa128-c80a-4695-a6ac-4d0307b9d5d3 2015-08-28 13:16:04.522 UTC 61748a2c-a3a4-4744-9756-55da00b40cec 2015-08-25 09:12:27.972 UTC 7defad29-7de5-4036-af15-251fb7f283b7 2015-10-01 16:19:59.24 UTC This workflow uses the WikiPathways Webservice/API to query for pathways containing a specific Chemical Entities of Biological Interest (ChEBI) identifier. The mapping service behind WikiPathways takes care of the identifier mapping, making sure that all relevant results are found even if they were originally reported using a different identifier scheme. 2015-08-28 13:21:13.376 UTC GetWikiPWByCHEBI 2015-08-25 09:48:24.503 UTC Kristina Hettne 2015-08-28 13:18:38.143 UTC c046bf73-a07d-4531-aacc-194a3c231b47 2015-08-25 09:07:13.639 UTC 0e16cf63-d7e8-4213-b7b8-caf42434f5d7 2015-08-25 09:48:49.721 UTC 6a61443f-c098-47f3-92ed-d538a10ca20d 2015-08-25 09:29:27.152 UTC 704f4b32-d55e-4d4f-b9d1-500db3f89b5c 2015-08-31 12:01:51.179 UTC 84fd96f0-564f-48bc-830b-7c6be8148f1d 2015-08-31 08:42:49.501 UTC a3837538-da59-4fcd-974e-8e616556e19d 2015-08-25 09:19:08.133 UTC 76bdb770-a1cc-4654-855f-9a45c5960917 2015-08-31 08:56:14.685 UTC bbc8b20c-b6b0-43b2-8900-a40ff7a9a992 2015-08-28 13:21:13.460 UTC 714f76a9-8f55-4c66-aad6-4d2a490086db 2015-08-28 13:26:19.155 UTC 2c765fcf-20d0-4715-8502-11071a6120d7 2015-08-25 09:34:53.85 UTC